1984 wurde ein Vertrag mit VW abgeschlossen, die Motorenfertigung des Typ Alpha in die DDR auszulagern, dessen Produktion die ostdeutschen Fahrzeugwerke abdecken sollte. Außerdem sollten jährlich 100.000 Aggregate in den Westen geliefert werden. Ein großes Problem in Eisenach war, den im VW quer eingebauten Motor an den Wartburg anzupassen ( der 353er Motor war längs eingebaut). Deswegen musste ein neues Getriebe entwickelt und die Spur verbreitert werden. Im Oktober 1988 wurden die ersten 1.3er ausgeliefert. Die sichtbaren Veränderungen waren ein neuer Frontgrill, größere Rückleuchten und Plastikstoßstangen sowie die Kotflügelverbreiterungen. Der Kombi hatte eine neue Heckklappe, durch die der Laderraum um 60 Liter wuchs.Vor der A-Säule war der Wagen neu konstruiert. Jedoch stockte der Absatz, da sich der Preis gegenüber dem 353 fast verdoppelt hatte. Das entgültige Aus kam mit der Grenzöffnung, denn auf dem offenen Markt hatte der veraltete Wartburg keine Chance. Bis zum 10. April 1991 wurden knapp 153.000 1.3er gebaut.